Da je novi koronavirus puno kompleksniji no što se na početku mislilo, otkrili su znanstvenici koji su analizirali njegov genetski kod. Naime, pronašli su gen koji je do sad bio skriven.
Novootkriveni gen nazvan je ORF3d i predstavlja primjer takozvanog preklapajućeg gena, odnosno gena unutar gena koji je učinkovito skriven u nizu nukleotida zbog načina na koji preklapa kodirane sekvence drugih gena.
Kad je riječ o veličini genoma, SARS-CoV-2 i njegovi rođaci su među najduljim RNK virusima koji postoje, pojašnjava bioinformatičar Chase Nelson iz američkog muzeja prirodne povijesti.
Zbog toga možda i skloniji genomskim trikovima od drugih RNK virusa, dodaje.
Virusi su generalno skloni držanju preklapajućih gena, pa to samo po sebi nije šokantno otkriće, no predstavlja li ORFd3 doista neki podli trik novog koronavirusa tek se treba utvrditi.
U kontekstu virusa SARS-COV-2 taj bi gen mogao predstavljati ozbiljnu slijepu točku. Znanstvenici od izbijanja pandemije ubrzano proučavaju novi koronavirus kako bi ga što više razumjeli i dok je dio genetske strukture razotkriven, dobar dio još uvijek predstavlja nepoznanicu.
Nestali preklapajući geni stavljaju nas u opasnost od zanemarivanja važnih značajki virusne biologije. Oni mogu bio jedan dio arsenala i načina na koji su se koronavirusi razvili da se mogu učinkovito razmnožavati, na koji svladavaju imunitet domaćina ili načina na koji se prenose, naglašava Nelson.
Gen ORFd3 identificiran je i ranije, ali samo kod koronavirusa u Kini koji utječu na pangoline.
Isto tako, taj je gen prethodno bio i krivo klasificiran kao ORF3b, gen koji nije povezan s virusom SRS-CoV-2, već se drugim koronavirusima.
Ta su dva gena nepovezana i kodiraju posve različite proteine. To znači da ista znanja koja vrijede za ORF3b ne vrijede za ORFd3, pojašnjava Nelson.
Zasad o misterioznom genu zapravo znanost zna samo jednu stvar i na osnovu podataka dobivenih iz obrade krvnih uzoraka COVID-19 pacijenata, a to je da potiče snažnu reakciju antitijela. No, sve ostalo i dalje je nepoznanica.
Mi još ne znamo njegovu funkciju te postoji li njegov klinički značaj. Ipak predviđamo da nije izgledno da taj gen mogu otkriti T-stanice, u odnosu na reakciju antitijela, kaže Nelson.
Za virus koji sadrži tek 15 poznatih gena, otkriće još jednog i to preklapajućeg gena je značajno. No koliko značajno, znanstvenici će tek utvrditi.
Studija o pronalasku tog gena objavljena je u znanstvenom časopisu eLife.
Izvor: Science Alert
